Μικροβιολογικό

Προφίλ Κλινικής

Το Μικροβιολογικό Τμήμα του Γενικού Νοσοκομείου Λευκωσίας λειτουργεί ως Εργαστήριο Αναφοράς τόσο για τα νοσοκομεία του ΟΚΥπΥ όσο και για τα ιδιωτικά εργαστήρια, ενώ παράλληλα προσφέρει υπερσύγχρονες διαγνωστικές μεθόδους, έρευνα και εκπαίδευση. Υπάρχει δυνατότητα παροχής υπηρεσιών μικροβιολογίας υψηλής ποιότητας και πλήρους φάσματος, από τις συνήθεις καλλιέργειες και εξετάσεις αντιμικροβιακής ευαισθησίας έως εξειδικευμένες μοριακές διαγνωστικές εξετάσεις.

Το Τμήμα προσφέρει τις υπηρεσίες του στο Γενικό Νοσοκομείο Λευκωσίας και σε όλα τα Κέντρα Υγείας της Επαρχίας Λευκωσίας. Επιπλέον, στο Τμήμα υπάρχουν τρία Εθνικά Εργαστήρια Αναφοράς, αναγνωρισμένα από το Υπουργείο Υγείας και το Εθνικό Κέντρο Γρίπης (NIC), αναγνωρισμένο από τον Παγκόσμιο Οργανισμό Υγείας. Το Τμήμα λειτουργεί ως Εργαστήριο Αναφοράς για εξειδικευμένες εξετάσεις σε ολόκληρο το νησί της Κύπρου και καλύπτει σημαντικά θέματα Δημόσιας Υγείας, όπως επιδημίες και αναδυόμενες ασθένειες (π.χ. Πανδημία γρίπης 2009, Έξαρση ιού EBOLA, Πανδημία SARS-CoV-2, Επιδημία Monkey Pox).

ΥΠΗΡΕΣΙΕΣ ΠΟΥ ΠΡΟΣΦΕΡΟΝΤΑΙ ΑΠΟ ΤΟ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΚΟ ΤΜΗΜΑ:

Διαγνωστικά τεστ για βακτήρια, μύκητες, παράσιτα και ιούς

Χρώση για άμεση μικροσκόπηση
Καλλιέργεια για βακτήρια και μύκητες
Ανίχνευση αντιγόνου με διάφορες μεθόδους όπως η ανοσοχρωματογραφία,

ανοσοφθορισμός και Elisa

Άμεση ανίχνευση DNA / RNA με μοριακές μεθόδους
Ταυτοποίηση στελέχους με συνήθεις και μοριακές μεθόδους
Εξέταση αντιμικροβιακής ευαισθησίας με τις ακόλουθες μεθόδους: Kirby-Bauer, MIC ( Minimum Inhibitory Concentration), BMD (Broth Micro Dilution) σύμφωνα με τις οδηγίες EUCAST και μοριακές μέθοδοι
Εξετάσεις προσδιορισμού γονότυπου και ανθεκτικότητας στα φάρμακα με μοριακές μεθόδους
Ορισμός οροομάδας και ορότυπου βακτηριακών στελεχών

Το Τμήμα προσφέρει σημαντικό αριθμό μοριακών εξετάσεων

Ποιοτική και ποσοτική ανίχνευση μικροοργανισμών και γονιδίων με συμβατική PCR, PCR Ανάστροφης Μεταγραφής, PCR Πραγματικού Χρόνου και PCR Πολλαπλών Στόχων
Προσδιορισμός των γονοτύπων, της αντοχής στα αντιϊκά και στα αντιφυματικά φάρμακα με τη μέθοδο υβριδοποίησης
PCR Πολλαπλών Στόχων, πλήρως αυτοματοποιημένο σύστημα μοριακής ανίχνευσης που μπορεί να ανιχνεύσει ταυτόχρονα δεκαέξι έως τριάντα τέσσερα διαφορετικά παθογόνα / στόχους που προκαλούν διάφορες μολυσματικές ασθένειες ανάλογα με το σημείο μόλυνσης, εντός μίας ώρας.
Ομάδα μηνιγγίτιδας / εγκεφαλίτιδας (14 μικροοργανισμοί)
Ομάδα Αναπνευστικού (23 μικροοργανισμοί)
Ομάδα Γαστρεντερικού (22 μικροοργανισμοί)
Ομάδα Ταυτοποίησης από καλλιέργειες αίματος (43 μικροοργανισμοί & στόχοι αντιμικροβιακής αντοχής)
Ομάδα Πνευμονίας (34 μικροοργανισμοί & στόχοι αντιμικροβιακής αντοχής)
Ομάδα Αρθρικών Λοιμώξεων (39 μικροοργανισμοί & στόχοι αντιμικροβιακής αντοχής)

Εξειδικευμένα Eργαστήρια που διατηρούνται στο Τμήμα Μικροβιολογίας

Εθνικό Εργαστήριο Αναφοράς για Μυκοβακτηρίδια
Εθνικό Εργαστήριο Αναφοράς για Salmonella και άλλα Εντερικά Παθογόνα
Εθνικό Εργαστήριο Αναφοράς για την Επιτήρηση της Μικροβιακής Αντοχής
Εθνικό Κέντρο Γρίπης (αναγνωρισμένο από τον ΠΟΥ)
Εργαστήριο Παραπομπής για Neisseria meningitides, Streptococcus pneumoniae,

Haemophilus influenzae και Neisseria gonorrhoeae

Εργαστήριο Παραπομπής για Βακτήρια και Μύκητες (Μοριακές μέθοδοι)
Εργαστήριο Παραπομπής για Ιούς (Μοριακές μέθοδοι)

Εθνικό Εργαστήριο Αναφοράς για τα Μυκοβακτήρια

Το Εργαστήριο λαμβάνει δείγματα από όλη την Κύπρο (ΟΚΥπΥ και ιδιωτικός τομέας) για μικροσκόπηση και καλλιέργεια για το σύμπλεγμα Mycobacterium tuberculosis, αλλά και για μη φυματιώδη μυκοβακτήρια. Το τεστ προσφέρεται δωρεάν από το Υπουργείο Υγείας και περιλαμβάνει τα εξής:

Μικροσκόπηση με οξεάντοχη χρώση (Kinyoun)
Καλλιέργεια
Συνεχής αυτοματοποιημένη παρακολούθηση σε σύστημα υγρής καλλιέργειας (Bactec® MGIT 960) και
Στερεά μέσα: Löwenstein – Jensen και Stonebrink
Ταυτοποίηση μυκοβακτηρίων σε επίπεδο είδους με τη χρήση PCR και τεχνικής αντίστροφης υβριδοποίησης
Έλεγχος ευαισθησίας για φάρμακα πρώτης και δεύτερης γραμμής για Mycobacterium tuberculosis και έλεγχος ευαισθησίας για μη φυματιώδη Mycobacteria
Σύμφωνα με τις κατευθυντήριες οδηγίες εντός του Τμήματος, υπάρχει η δυνατότητα διενέργειας μοριακής εξέτασης για την ενίσχυση/πολλαπλασιασμό του νουκλεϊκού οξέος απευθείας σε συγκεκριμένα δείγματα με δυνατότητα ανίχνευσης του Mycobacterium tuberculosis complex, της αντοχής στη Rifampicin (Cepheid Xpert MTB / RIF Assay) και επίσης μεταλλάξεων που αφορά αντοχή σε φάρμακα (Isoniazid, Fluoroquinolones, Second-Line Drugs and Ethionamide)

Εθνικό Εργαστήριο Αναφοράς για τη Σαλμονέλα και άλλα Εντερικά Παθογόνα

Εκτός από τα κλινικά δείγματα ρουτίνας, το Τμήμα Μικροβιολογίας στο πλαίσιο του ρόλου του ως Εργαστήριο Αναφοράς, λαμβάνει επίσης στελέχη Salmonella από εργαστήρια του ΟΚΥπΥ και του ιδιωτικού τομέα για τον προσδιορισμό του ορότυπου. Επιπλέον, δέχεται στελέχη Campylobacter για έλεγχο ταυτοποίησης σε επίπεδο είδους και ευαισθησίας καθώς επίσης και δείγματα για την ανίχνευση της βεροτοξίνης από εντεροαιμορραγικό Escherichia coli. Σύμφωνα με τις τρέχουσες ευρωπαϊκές οδηγίες, υπάρχει η δυνατότητα ανίχνευσης μέσω PCR των τοξινών του Clostridium difficile προκειμένου να επιβεβαιωθεί μια θετική εξέταση με τη μέθοδο Elisa που προηγείται σαν screening test.

Εθνικό Εργαστήριο Αναφοράς για την Επιτήρηση της Μικροβιακής Ανθεκτικότητας

Συλλογή δεδομένων μικροβιακής αντοχής από όλα τα νοσοκομεία του Κρατικού Οργανισμού Υπηρεσιών Υγείας (ΟΚΥπΥ) και μερικά ιδιωτικά νοσηλευτήρια που συμμετέχουν στο ΓεΣΥ, ως Κέντρο Συντονισμού του Εθνκού Δικτύου Μικροβιολογικών Τμημάτων και αποστολή στη βάση δεδομένων του ECDC, TESSy (Ευρωπαϊκό Σύστημα Επιτήρησης). Αυτά τα δεδομένα μεταφέρονται επίσης αυτόματα από την πλατφόρμα του TESSy, μέσω της συμμετοχής και της συνεργασίας του Μικροβιολογικού Τμήματος με τον ΠΟΥ, στο Παγκόσμιο Σύστημα Παρακολούθησης Αντιμικροβιακής Αντοχής (GLASS).

Εθνικό Κέντρο Γρίπης (WHO NIC Cyprus)

Μοριακή ανίχνευση όλων των κυκλοφορούντων ιών Γρίπης συμπεριλαμβανομένου και του ιού της Γρίπης των πτηνών (AvianInfluenza Virus). Στο Εθνικό Κέντρο Γρίπης συλλέγονται όλα τα θετικά δείγματα ανά το παγκύπριο για τυποποίηση και περαιτέρω ανίχνευση των τόσο των υποτύπων του ιού της Γρίπης Α όσο και της γενεαλογικής (Β/Yamagata και Β/Victoria) γραμμής του ιού της Γρίπης Β. Στα πλαίσια του ρόλου του δέχεται δείγματα από την κοινότητα παγκυπρίως μέσω του προγράμματος Sentinel για μοριακή διερεύνηση και ανίχνευση των ιών Influenza, SARS-CoV-2 και RSV.

Συνεργάζεται με το WHO Collaborating Centre London (Francis Crick Institute) για αποστολή ενδεικτικού αριθμού θετικών δειγμάτων για περαιτέρω ανάλυση (WGS, αντιϊκή ευαισθησία κλπ.) τόσο για επιδημιολογικούς σκοπούς όσο και για τη γεωγραφική συμβολή της Κύπρου στη σύσταση του εμβολίου της Γρίπης το οποίο ανανεώνεται κάθε χρόνο, σύμφωνα με τα δεδομένα των κυκλοφορούντων ιών σε κάθε χώρα.

Εργαστήριο Παραπομπής για Neisseria meningitides, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae και Neisseriagonorrhoeae
Προσδιορισμός οροομάδας για Neisseria meningitides και ορότυπου για Streptococcus pneumoniae και Haemophilus influenzae
Έλεγχος ευαισθησίας για Neisseria gonorrhoeae

Εργαστήριο παραπομπής για Βακτήρια, Μύκητες και Μηχανισμούς Αντοχής (Μοριακές μέθοδοι)
Ταυτόχρονη μοριακή ανίχνευση Chlamydia trachomatis και Neisseria gonorrhoeae σε πλήρως αυτοματοποιημένο σύστημα στα ούρα (άντρες) και σε τραχηλικό ή κολπικό επίχρισμα ή ούρα (γυναίκες)
Μοριακή ανίχνευση Pneumocystis jiroveci σε BAL και προκλητά πτύελα
Μοριακή ανίχνευση καρβαπενεμάσης παραγόμενης από εντεροβακτήρια (CPE), όπως τα γονίδια VIM, KPC, NDM, OXA-48
Ανίχνευση μοριακής αντιμικροβιακής αντοχής στα στελέχη Staphylococcus aureus τύπου mecA και παραγωγή τοξίνης Panton Valentine (PVL)
Ταυτόχρονη μοριακή ανίχνευση με Multiplex PCR των παθογόνων βακτηριδίων, μυκήτων και παρασίτων και μηχανισμών ανθεκτικότητας σε δείγματα Ανώτερου Αναπνευστικού, Κατώτερου Αναπνευστικού, Εγκεφαλονωτιαίου Υγρού, Υγρού Αρθρώσεων και Δείγματα Γαστρεντερικού Συστήματος

Εργαστήριο παραπομπής για ιούς (Μοριακές μέθοδοι)
Προσδιορισμός του ιικού φορτίου για HIV, HBV, HCV, CMV, BK Virus, JC και Epstein Barr Virus
Προσδιορισμός γονότυπου για HCV, HBV
Προσδιορισμός της αντοχής στα φάρμακα για HBV
Ανίχνευση RSV και προσδιορισμός τύπου και υποτύπου για τον ιό της γρίπης A & B από ρινοφαρυγγικά δείγματα και BAL
Ανίχνευση του ιού Έμπολα
Ανίχνευση MERS-CoV
Ανίχνευση SARS-CoV-2
Ανίχνευση Monkey Pox Virus
Ανίχνευση ιών HSV1, HSV2, VZV
Ανίχνευση HPV και των σηματικότερων γονοτύπων του
Ανίχνευση Zika, Dengue, Chikungunya, Yellow Fever Virus
Ταυτόχρονη μοριακή ανίχνευση με Multiplex PCR των παθογόνων ιών σε δείγματα Ανώτερου Αναπνευστικού, Κατώτερου Αναπνευστικού, Εγκεφαλονωτιαίου Υγρού, Υγρού Αρθρώσεων και Δείγματα Γαστρεντερικού Συστήματος.

Δημόσια υγεία και αναδυόμενες ασθένειες

Προετοιμασία εγκαίρως για την κάλυψη διαγνωστικών αναγκών και μέτρων για την αποτροπή οποιασδήποτε μετάδοσης

Πανδημία γρίπης 2009
Επιδημία MERS-CoV το 2012
Εμφάνιση του ιού EBOLA το 2014
Πανδημία SARS-CoV-2 2019
Επιδημία Monkey Pox (MPOX) το 2022

Το Μικροβιολογικό Τμήμα, το οποίο διαθέτει επίσης Εργαστήριο Βιοασφάλειας 3, είναι πάντα έτοιμο να αντιμετωπίσει οποιαδήποτε αναδυόμενη ασθένεια η οποία αποτελεί κίνδυνο για τη δημόσια υγεία

ΔΡΑΣΤΗΡΙΟΤΗΤΕΣ:

Εξωτερικός Έλεγχος Ποιότητας

Διαρκής συμμετοχή του Τμήματος σε διάφορα προγράμματα Εξωτερικού Ελέγχου Ποιότητας σε συνεργασία με διεθνείς Οργανισμούς (NEQAS, INSTAND e. V., Labquality, ECDC, WHO, κ.λπ.).

Διαπίστευση

Διαπίστευση για τα έξι (6) εργαστήρια του Μικροβιολογικού Τμήματος από τον Κυπριακό Οργανισμό Προώθησης Ποιότητας – Κυπριακός Οργανισμός Διαπίστευσης (CYS-CySAB).

Το Σύστημα Ποιότητας του Τμήματος πληροί τις απαιτήσεις του αναθεωρημένου προτύπου ISO 15189: 2022 για περισσότερες από 48 διαπιστευμένες μεθόδους που αντιστοιχούν στο 96% των εκδιδόμενων αποτελεσμάτων για το 2022.

https://www.gov.cy/meci-cysab/documents/diapisteymenoi-foreis

Εθνικό Σημείο για τη Μικροβιολογία

Εκπροσώπηση στο ECDC από τη Διευθύντρια του Μικροβιολογικού Τμήματος Δρ Δέσπω Πιερίδου

Συμμετοχή σε Ευρωπαϊκά και Παγκόσμια προγράμματα

Το Μικροβιολογικό Τμήμα συμμετέχει σε διάφορα Προγράμματα και Ομάδες Εργασίας που χρηματοδοτούνται από την Ευρωπαϊκή Ένωση μέσω του δικτύου ECDC (Ευρωπαϊκό Κέντρο Πρόληψης και Ελέγχου Νόσημάτων – http://ecdc.europa.eu/en/Pages/home.aspx) και του ΠΟΥ (Παγκόσμιος Οργανισμός Υγείας)

Antimicrobial Resistance Surveillance Network (EARS-Net)

National Coordinator Dr Panagiotas Maikanti

www.ecdc.europa.eu/en/activities/surveillance/EARS-Net

European Antimicrobial Resistance Genes Surveillance Network (EURGen-Net)

www.ecdc.europa.eu/en/about-us/who-we-work/disease-and-laboratory-networks/EURGen-net

European COVID-19 reference laboratory network (ECOVID-LabNet)

National Coordinator for the Laboratory Sector Dr Christos Karagiannis

www.ecdc.europa.eu/en/about-us/who-we-work/disease-and-laboratory-networks/european-covid-19-reference-laboratory-network

European Diphtheria Surveillance Network (EDSN)

www.ecdc.europa.eu/en/about-us/partnerships-and-networks/disease-and-laboratory-networks/edsn

Tuberculosis Disease Network

www.ecdc.europa.eu/en/about-us/partnerships-and-networks/disease-and-laboratory-networks/tuberculosis-disease-network

European Food- and Waterborne Diseases and Zoonoses Network (FWD-Net)

www.ecdc.europa.eu/en/about-us/partnerships-and-networks/disease-and-laboratory-networks/fwd-net

European Gonococcal Antimicrobial Surveillance Programme (Euro-GASP)

www.ecdc.europa.eu/en/about-us/partnerships-and-networks/disease-and-laboratory-networks/euro-gasp

European Invasive Bacterial Disease Surveillance Network (EU-IBD)

www.ecdc.europa.eu/en/about-us/networks/disease-and-laboratory-networks/eu-ibd

European Clostridium difficile infection surveillance network (ECDIS-net) project.

www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/media/en/publications/Publications/Clostridium-difficile-infections-surveillance-protocol-version-2.1.pdf

European Legionnaires’ Disease Surveillance Network (ELDSNet)

www.ecdc.europa.eu/en/about-us/partnerships-and-networks/disease-and-laboratory-networks/eldsnet

European survey on carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (EuSCAPE) project

https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/media/en/publications/Publications/antimicrobial-resistance-carbapenemase-producing-bacteria-europe.pdf

European Influenza Surveillance Network (EISN)

www.ecdc.europa.eu/en/about-us/partnerships-and-networks/disease-and-laboratory-networks/eisn

European Antimicrobial Resistance Genes – Reference Laboratory Capacity (EURGen-RefLabCap) project.

Application of whole genome sequencing (WGS) and genomic surveillance for carbapenem and/or colistin resistant Enterobacterales, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii.

National Coordinator Dr Christos Karagiannis

https://www.eurgen-reflabcap.eu