Η Μονάδα Παιδονεφρολογίας του Νοσοκομείου Αρχιεπισκόπου Μακαρείου ΙΙΙ αποτελεί τη μοναδική εξειδικευμένη μονάδα Παιδονεφρολογίας στην Κύπρο. Στη Μονάδα παρακολουθούνται παιδιά από όλο το φάσμα της Παιδονεφρολογίας, με απλά ή σύνθετα νεφρολογικά προβλήματα, προερχόμενα από ολόκληρη τη χώρα.
Συγκεκριμένα, παρακολουθούνται παιδιά με οξεία ή χρόνια νεφρική ανεπάρκεια, παιδιά που υποβάλλονται σε περιτοναϊκή κάθαρση, παιδιά με μεταμόσχευση νεφρού, καθώς και ασθενείς με σπειραματονεφρίτιδες, κληρονομικές νεφροπάθειες, αιματουρία, συγγενείς ανωμαλίες του ουροποιητικού συστήματος, ημερήσια ή νυχτερινή ενούρηση και επιπλεγμένες ουρολοιμώξεις. Επιπλέον, στη Μονάδα διενεργούνται διαγνωστικές διαδερμικές βιοψίες νεφρού.
Στη Μονάδα λειτουργεί καθημερινά τακτικό Παιδονεφρολογικό Ιατρείο, ενώ τα παιδιά με σοβαρή νεφρολογική πάθηση που χρήζουν νοσηλείας φιλοξενούνται στην Παιδιατρική Κλινική του Νοσοκομείου.
Η Μονάδα δέχεται παραπομπές τόσο από Νοσηλευτήρια του ΟΚΥπΥ όσο και από προσωπικούς ιατρούς.